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RNA甲基化免疫共沉淀高通量测序(MeRIP-seq)

甲基化RNA免疫共沉淀Methylated RNA immunoprecipitationMeRIP)是基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础,然后通过高通量测序,在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域,可以高效地获得实验结果。

甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序Methylated RNA immunoprecipitation with Next Generation SequencingMeRIP - Seq)是研究细胞内转录组表观修饰的最新技术。这项技术基于抗体特异性结合甲基化修饰的碱基的原理,以N6-甲基腺嘌呤抗体富集高甲基化的RNA片段为基础,然后结合高通量测序,可以对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究,是表观转录组学研究的关键技术。目前,MeRIP-seq已被应用到细胞分化、生物发育、疾病发生发展,热休克反应等生物学问题中。


实验流程:

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MeRIP-Seq技术流程

J. Meng, Z. Lu, H. Liu, L. et al, A protocol for RNA methylation differential analysis with MeRIP-Seq data and exomePeak R/Bioconductor package,Methods (2014), doi:http:// dx. doi.org/10.1016/j.ymeth.2014.06.008 


数据处理:

MeRIP-SeqMeRIP-PF的结果处理过程

Li Y, Song S, Li C, Yu J. MeRIP-PF: an easy-to-use pipeline for high-resolution peak-finding in MeRIP-Seq data. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2013,11(1):72-5. doi: 10.1016 /j.gpb. 2013.01.002.


应用:

定量检测哺乳动物mRNA的内部m7G位点和哺乳动物细胞的MeRIP-Seq

Zhang L S, Liu C, Ma H, et al. Transcriptome-wide Mapping of Internal N7-Methylguanosine Methylome in Mammalian mRNA. Mol Cell. 2019, 74(6):1304-1316. doi:10.1016/ j.molcel.


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通过MeRIP-seqRNA-seq识别METTL3靶点

Li T, Hu P S, Zuo Z, et al. METTL3 facilitates tumor progression via an m6A-IGF2BP2 -dependent mechanism in colorectal carcinoma[J]. Molecular Cancer, 2019, 18(1).


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mettl3介导的m6a在细胞增殖中调控基因表达

Chen J, Zhang YC, Huang C, et al. m6A Regulates Neurogenesis and Neuronal Development by Modulating Histone Methyltransferase Ezh2. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2019, 17(2):154-168. doi: 10.1016/j.gpb.2018.12.007.


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